Se han encontrado semillas de chiles primitivos, con un gran parecido al Chiltepín en cuevas en la Selva del Amazonas. Poco a poco las aves que disfrutaban su sabor y, al parecer, son inmunes al picor, fueron llevando en sus migraciones la semilla hacia tierras del norte, donde en México se asentaría muchos años después. Esto ocurre en el periodo pleistoceno cerca de 12 mil años a.C. Para cuando los españoles llegaron a México, el chile llevaba miles de años domesticado.
En la cocina prehispánica se distinguían varios platillos preparados con chile, los cuales, aún hoy en día, siguen siendo relevantes en la cocina mexicana, como los chilaquiles, las salsas, o inclusive el mole, en una versión prehispánica llamada Chimolli.
Diversos factores contribuyeron a generar la diversidad de chiles en las distintas regiones del territorio de Mesoamérica. El más relevante fue el comercio de chiles y semillas entre distintos pueblos; sumado a esto la fuerte característica endogámica que tiene la planta capsicum y los diversos tipos de tierra, climas, exposición al sol y altitudes que hay en México.
Actualmente tenemos en México más de 50 variedades de chiles conocidas.
